Es el Órgano Ejecutivo del Colegio, la Junta de Gobierno se compone estatutariamente de doce miembros (Presidente, Secretario, Tesorero, Contador y ocho Vocales, desempeñando el vocal Nº 1 el cargo de Vicepresidente), elegidos democráticamente mediante sufragio universal de todos los Colegiados, por un mandato de cuatro años.
Su funcionamiento interno es, igualmente, democrático. Se reúne con una regularidad mensual, aunque de forma flexible, pues la propia dinámica colegial suele exigir una tutela constante de los intereses encomendados a la defensa del Colegio y, en general, ha de tomar parte en todas aquellas actividades que sirvan al prestigio del Colegio y a su proyección y presencia externas.

Sus acuerdos se adoptan, por mayoría de votos de los miembros presentes y voto de calidad del presidente, en caso de empate. En las decisiones se busca siempre el máximo consenso de sus integrantes previa deliberación ordenada por el presidente.

La Junta de Gobierno ostenta la representación colegial ante los organismos oficiales, entidades privadas y sociedad en general, con la misión esencial de defender el correcto ejercicio de la profesión tanto en beneficio de los ciudadanos que contratan los servicios de nuestros profesionales, como en interés de los propios colegiados.   
Para la consecución de estos objetivos, articula su funcionamiento en distintas áreas de actividad, dirigidas por cada uno de los integrantes de la junta, recabando la colaboración de los profesionales más destacados en dichas materias.

Entre otras funciones encomendadas a este órgano, le corresponde la ordenación de la actividad de los distintos Departamentos, Comisiones y Servicios, controlando su gestión. En el terreno económico, realiza el seguimiento y aseguramiento de la buena marcha económica de la entidad, redactando los Presupuestos y formulando el Plan de inversiones, que deben ser ratificados por la Asamblea.

Dentro de la junta de gobierno, compuesta por miembros de la misma, existe una Comisión Disciplinaria con la misión específica de instruir los expedientes de información reservada y disciplinarios, para garantizar la aplicación del código deontológico de la profesión.